Universitas Ibn Khaldun berdiri pada tanggal 7 Dzul Qaidah 1380 H bertepatan dengan tanggal 23 April 1961 M sesuai dengan Keputusan Badan Pengurus Yayasan Ibn Chaldun Jakarta, No. 31/DPP/1961 tanggal 23 April 1961.

Pada awal pendirian, Universitas Ibn Khaldun memiliki 4 (empat) fakultas. Sesuai dengan rencana pengembangan organisasi dan tuntutan kebutuhan masyarakat, kini Universitas Ibn Khaldun memiliki 6 (enam) fakultas dan 1 (satu) sekolah pascasarjana dengan 22 program studi.

Ketujuh fakultas adalah:

1. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, dengan 3 (tiga) program studi;

2. Fakultas Hukum, dengan 1 (satu) program studi;

3. Fakultas Ekonomi, dengan 3 (tiga) program studi;

4. Fakultas Agama Islam, dengan 5 (lima) program studi;

5. Fakultas Teknik, dengan 4 (empat) program studi;

6. Fakultas Ilmu Kesehatan, dengan 1 (satu) program studi;

7. Sekolah Pascasarjana, dengan 5 (lima) program studi.

Yayasan Pendidikan Islam Ibn Khaldun Bogor selaku Penyelenggara Universitas dari Universitas Ibn Khaldun (UIKA) telah berpengalaman selama 52 tahun dalam mengelola pendidikan. Pada tanggal 1 Desember 2011. Universitas Ibn Khaldun telah memiliki izin penyelenggaraan Program Studi Kesehatan Masyarakat (PSKM) berdasarkan SK. Menteri Pendidikan Nasional RI NO.273/E/O/2011. Berdasarkan SK tersebut, maka Yayasan Pendidikan Islam Ibn Khaldun Bogor menerbitkan Surat Keputusan Pengurus Yayasan Pendidikan Islam Ibn Khaldun Bogor, Nomor: 04/ KPTS/PENG-YPIKA/2012 Tentang Pendirian Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Ibn Khaldun Bogor sebagai penyelenggara Program Studi Kesehatan Masyarakat.